Modeli uydurma
Artık diferansiyel bağlanma analizini yapmaya hazırsın. Bu analiz, iki tümör tipi arasında yoğunluğu anlamlı derecede farklı olan tepe noktalarını (peaks) gösterecek. Gruplar arasında hangi tepe noktalarının farklı olduğunu bilmek, bu farklılıkları tetikleyen altta yatan mekanizmaları anlamaya yönelik ileri analizlerin temelini oluşturur. Şimdilik, diferansiyel olarak bağlanan tepe noktalarını bulmaya odaklanalım. DiffBind paketindeki dba.analyze() fonksiyonu bunu yapmana olanak tanır. Önceki egzersizde, tümör tiplerini karşılaştırmak için kontrastı belirlemiştin. Bu kontrasta sahip nesneyi kullanarak, kalan işi yapmak için doğrudan dba.analyze() çağırabilirsin.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
Egzersiz talimatları
- Gerekli kontrastı içerdiğini doğrulamak için
ar_bindingnesnesini incele. - Diferansiyel bağlanma analizini çalıştır.
- Sonucu incele.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)