Protein bağlanmasındaki farkları özetleme
Bu derste bakacağın, farklı şekilde bağlanan zirvelerin (peaks) son görselleştirmesi bir kutu grafiği (box plot). Bu tür grafik, her örnekteki tepe yoğunluklarının dağılımını özetlemek için kullanışlıdır. Bu amaçla DiffBind dba.plotBox() fonksiyonunu sağlar. Kutu grafikleri, farklı gruplardaki medyan konumunu ve çevresindeki yayılımı vurgular. DiffBind’in ürettiği grafik, iki grubu (primer ve tedaviye dirençli tümör) ve ayrıca farklı şekilde bağlanan zirvelerden oluşan alt grupları karşılaştırır. Grafiğin yanı sıra, dba.plotBox() bu gruplar arasındaki ikili karşılaştırmalar için p-değerlerini de döndürür.
Daha önce olduğu gibi, diferansiyel bağlanma analizi sonuçları ar_diff olarak mevcut.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
Egzersiz talimatları
- Tepe yoğunluklarının kutu grafiğini oluştur.
- Döndürülen p-değerlerini incele. Hangi tepe kümeleri birbirinden anlamlı derecede farklı?
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)