PCA ve Isı Haritasına Yeniden Bakış
Artık örnekler arasındaki başlıca farkları belirlediğine göre, örnekleri karşılaştırmak için başka bir grafik seti oluşturabilirsin. Bunlar daha önce baktıklarına çok benzer; ancak bu kez yalnızca diferansiyel bağlanmış tepe noktalarını kullanıyorsun. Bu, grafikteki gürültüyü azaltır ve farkları daha net vurgular. DiffBind çizim fonksiyonlarında, hangi karşılaştırmanın tepe seçimi için kullanılacağını belirtmene olanak tanıyan contrast adlı bir argüman vardır. Bu egzersizde, orijinal grafikleri temizlenmiş karşılıklarıyla karşılaştıracaksın.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)