MA grafiği
Bir MA grafiği, ortalama sinyal şiddetine göre iki grup arasındaki farkları görselleştirir. Bu, verideki olası önyargıları değerlendirmek için kullanışlıdır. Genellikle, koşullar arasında çoğu tepe (peak) şiddetinin değişmesi beklenmez. Bu da grafikteki noktaların, değişim olmadığını belirten 0 düzeyindeki yatay çizgi etrafında toplanması gerektiği anlamına gelir. MA grafikleri, gruplar arasındaki farkların ne kadar büyük olduğuna dair hızlı bir görsel izlenim edinmek için de faydalıdır.
Daha önce kullandığın çizim fonksiyonlarına benzer şekilde, DiffBind MA grafikleri oluşturmak için DBA nesnesinden gerekli tüm bilgileri çekebilen dba.plotMA() adlı bir fonksiyon sağlar.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
Egzersiz talimatları
- Bir MA grafiği oluşturmak için
dba.plotMA()fonksiyonunu kullan. - Grafiğe göz at. Anlamlı farkların nasıl vurgulandığına dikkat et.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Create an MA plot
___(ar_diff)