BAM dosyalarını okuma
Başlamak için, hizalanmış okumaları bir BAM dosyasından R'a aktaracaksın. Bu dosyalar, okuma dizileri ile referans genom arasındaki hizalama bilgilerini sıkıştırılmış ikili (binary) bir formatta saklar. BAM dosyalarından veri yüklemek, genomik verileri analiz ederken sık yapılan bir işlemdir.
Bu egzersizde önce bir bam dosyasından tüm okumaları yükleyeceksin. Bu yol kolaydır ama çok bellek gerektirebilir; bu yüzden ikinci kısımda sadece ilgilendiğin bir bölgedeki okumaları nasıl yükleyeceğini öğreneceksin.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
Egzersiz talimatları
readGAlignments()fonksiyonunu kullanarak chr20_bam dosyasından okumaları yükle.- Kromozom 20 üzerinde 29805000 - 29820000 bölgesini kapsayan, chr20_bam için bir
BamViewsnesnesi oluştur. - Yalnızca bu görünüştaki (view) okumaları yüklemek için tekrar
readGAlignments()kullan. reads_subnesnesinistr()ile incele.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)
# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))
# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)
# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)