Pikler ve arka plan
Şimdi piklerin, kara listeye alınmış bölgelerin ve arka planın kapsam dağılımını karşılaştırma zamanı. Bu egzersizde kromozom 5’ten gelen verileri inceleyeceksin.
Bu kromozom için pike, kara listeye alınmış bölgelere ve arka plana ait bölmelere göre gruplanmış okuma sayıları sırasıyla peak_bins, bl_bins ve bkg_bins olarak mevcut. score sütunu okuma sayılarını içerir.
Bu egzersiz için gereken tüm verilerin ve R paketlerinin yüklenmesi biraz zaman alabilir. Lütfen sabırlı ol.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
Egzersiz talimatları
- Çizim için okuma sayılarını veri çerçevelerinde düzenleyerek hazırla.
- Üç veri çerçevesini
rbind()kullanarak birleştir. - Okuma sayılarına göre bölme türüne göre bir boxplot oluştur.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()