Volkan grafiği
Volkan grafikleri, gruplar arasındaki farkı (log kat değişimi olarak ifade edilir) ile tepe yoğunluklarını karşılaştıran testin p-değerleri arasındaki ilişkiyi görselleştirir. Bu, istatistiksel olarak anlamlı sonuçların ve etki büyüklüklerinin görsel bir özetini sunar. DiffBind, bu grafikleri oluşturmak için dba.plotVolcano() fonksiyonunu sağlar.
ar_diff nesnesi, diferansiyel bağlanma analizinin sonuçlarını içerir.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
Egzersiz talimatları
- Bir volkan grafiği oluştur.
- Grafiği incele. Anlamlı sonuçlar nerede konumlanıyor?
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Create a volcano plot
___(ar_diff)