Ortak temaları bulma
chipenrich paketi, ChIP-seq tepe noktalarıyla rastlantıdan beklenenden daha sık ilişkilendirilen gen gruplarını belirlemek için chipenrich() fonksiyonunu sağlar. Bunun için, genlerin nasıl gruplandırılması gerektiğini belirlemek önemlidir. Bu egzersizde Broad Institute tarafından tanımlanan Hallmark gen setlerine bakacaksın.
Genellikle, iki örneklem grubunu birbirinden ayıran moleküler süreçleri vurgulamak için analizi diferansiyel bağlanan tepe noktalarıyla sınırlamak istersin. Ancak üzerinde çalıştığın verinin örneklem sayısı az olduğu için, burada yalnızca tedaviye dirençli tümör örneklerinde sinyali daha güçlü olan tepe noktalarına bakacaksın.
Bu egzersiz
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
kursunun bir parçasıdırEgzersiz talimatları
- Tedaviye dirençli örneklerde birincil tümör örneklerine kıyasla yoğunluğu daha yüksek olan tüm tepe noktalarını seç.
- Zenginleştirme analizini çalıştır.
- Analizin sonuçlarını yazdır.
Uygulamalı interaktif egzersiz
Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.
# Select all peaks with higher intensity in treatment resistant samples
turp_peaks <- peaks_binding[, "GSM1598218"] + peaks_binding[, "GSM1598219"] < ___[, "GSM1598223"] + ___[, "GSM1598225"]
# Run enrichment analysis
enrich_turp <- ___(peaks_comb[turp_peaks, ], genome="hg19",
genesets = "hallmark", out_name = NULL,
locusdef = "nearest_tss", qc_plots=FALSE)
# Print the results of the analysis
___(enrich_turp$results)