Piklerin ek açıklanması
Önceki egzersizlerde, tüm örneklerden birleştirilmiş pik çağrılarının bir tablosunu (peaks_merged olarak mevcut) ve gen ek açıklamalarını içeren bir tabloyu (human_genes olarak mevcut) oluşturdun. Şimdi ChIPpeakAnno paketinin sağladığı annoPeaks() fonksiyonunu kullanarak her iki tablodaki bilgileri birleştirme zamanı. Bir genin başlangıç bölgesine yeterince yakın olan her pik için (yakınlık bindingRegion argümanıyla belirlenir), bu fonksiyon ilgili gene dair ayrıntılı bilgileri bir veri çerçevesi olarak döndürür. Buna, pikin gene göre nerede konumlandığını belirten insideFeature adlı bir sütun da dahildir.
Bu egzersiz
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
kursunun bir parçasıdırEgzersiz talimatları
- Pikleri en yakın gen ile ek açıklama yap.
- Genlerle ek açıklanan piklerin sayısını belirle.
- Piklerin genlere göre nerede konumlandığını gösteren bir özet tablo oluştur.
Uygulamalı interaktif egzersiz
Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)