Yollaklara daha yakından bak
Bu egzersizde, zenginleştirme analizinin belirlediği bir yolağa bağlanan ve ChIP-seq pikleri olan genleri vurgulayan bir URL oluşturacaksın. Bu sayede genlerin, daha doğrusu kodladıkları proteinlerin, birbirleriyle ve diğer proteinlerle nasıl etkileştiğine dair genel bir görünüm elde edersin. Biraz deneyimle, bu tür görünümler çalışmadaki gruplar arasındaki farkları açıklayabilecek olası mekanizmaları hızla aklına getirebilir.
Bu URL’lerin genel formatı şöyledir: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Zenginleştirme analizindeki en üst sıradaki yolağı göstermek ve piklerle ilişkili genleri vurgulamak için gereken URL’yi oluşturacaksın. Daha önce oluşturduğun top_path ve genes nesneleri çalışma alanında senin için hazır.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
Egzersiz talimatları
- URL’ye yolak kimliğini ekle.
- Piklerle ilişkili yolağa ait gen kimliklerini
'+'ile ayrılan tek bir metin halinde birleştir. - Gen seçimi metnini URL’ye ekle.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")