Modeli kurma

Gruplar arasında gerçek karşılaştırmayı çalıştırmadan önce, örneklerin bu gruplara DiffBind içinde nasıl ayrıldığını belirtmen gerekir. Bunu yapmanın en kolay yolu, DiffBind’in örneklere eklediği ön tanımlı kategorilerden birini kullanmaktır. Bunlar, her örnekle ilişkili durum (condition) veya doku (tissue) gibi sık kullanılan ilgi çekici gruplandırmaları içerir. categories argümanına DBA_CONDITION ve DBA_TISSUE gibi sabitleri vererek hangisini kullanmak istediğini belirtebilirsin. Kullanılabilir sabitlerin tam listesi dba.contrast() yardım sayfasında yer alır.

Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır

R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq

Kursa Göz Atın

Egzersiz talimatları

ar_binding nesnesini incele.
Birincil Tümör (primary) ve Tedaviye Dirençli (TURP) duruma karşılık gelen kategoriyi belirle.
İki tümör tipini karşılaştıracak karşıtlığı (contrast) kur.
Karşıtlığın eklendiğini doğrulamak için dba_peaks nesnesini incele.

Uygulamalı etkileşimli egzersiz

Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.

# Examine the ar_binding object
print(___)

# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____

# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)

# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)

Kodu Düzenle ve Çalıştır