Örnekleri kümeleme
Örnekler arasındaki benzerliklere bakmanın bir başka yolu da hiyerarşik kümelemedir. Bu süreç iki aşamadan oluşur. İlk olarak, tepelerin (normalize kapsama değerlerine) dayanarak örnekler arasındaki
uzaklığı dist() fonksiyonu ile hesaplaman gerekir. Ardından bu ikili uzaklıkları kullanarak benzer örnekleri hclust() ile bir araya getirebilirsin. Bu, örnekler arasındaki hiyerarşik ilişkiyi gösteren bir dendrogram üretir.
Uygun şekilde normalize edilmiş kapsama verilerini içeren bir matris, R nesnesi cover olarak hazırdır.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
Egzersiz talimatları
dist()kullanarak örnekler arasındaki ikili uzaklıkları hesapla.- Uzaklık matrisinden bir dendrogram oluşturmak için
hclust()kullan. - Dendrogramı görselleştir.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Compute the pairwise distances between samples using `dist`
cover_dist <- ___(t(cover))
# Use `hclust()` to create a dendrogram from the distance matrix
cover_dendro <- ___(cover_dist)
# Plot the dendrogram
plot(___)