Bir bölgeyi ayrıntılı olarak çizmek
Şimdi bir genomik bölgeyi Gviz ile çizme sırası sende. Bu egzersizdeki tüm veriler tek bir örneğin 20. kromozomundan geliyor. 20. kromozomun bir ideogramı senin için oluşturuldu ve ideogram olarak hazır. Eşleştirilen okumalar kapsama verisine dönüştürüldü. Bu bilgi cover_ranges adlı bir GRanges nesnesi olarak mevcut. Çizeceğin bölgedeki tepe çağrıları peak_calls nesnesinde saklanıyor.
Bu egzersiz için gerekli tüm verilerin ve R paketlerinin yüklenmesi biraz zaman alabilir. Lütfen sabırlı ol.
Bu egzersiz
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
kursunun bir parçasıdırEgzersiz talimatları
- Tepe çağrıları için açıklama (annotation) izleri oluştur.
- Okuma kapsamı için bir veri izi (data track) oluştur.
- Grafiği, yukarıdan aşağıya doğru ideogram, kapsama izi, tepe çağrıları izi ve genomik konumu gösteren bir eksen olacak şekilde göster.
Uygulamalı interaktif egzersiz
Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)