BED dosyalarını okuma
Bu egzersizde, bir BED dosyasından tepe (peak) çağrılarını yükleyecek ve tepe konumları bilgisini kullanarak bir BAM dosyasından tepelerle örtüşen okumaları (reads) çıkaracaksın.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
Egzersiz talimatları
- chr20_peaks içindeki tepe çağrılarını yüklemek için
import.bedfonksiyonunu kullan. - Bu tepe çağrılarını kullanarak chr20_bam için bir
BamViewsnesnesi oluştur. - Tepe çağrılarıyla örtüşen okumaları yükle.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)