Tepe çağrıları
Okumalar (reads) tüm genom boyunca dağılmıştır, ancak ilgi duyulan proteinin bağlandığı bölgeler çok sayıda çakışan okuma toplayarak kapsamada tepelere yol açar. Bu tepeler genellikle genomik koordinatlarıyla ve bu tepe için gözlenen sinyalin gücünü gösteren bir puanla kaydedilir.
Senin için bir dizi tepe çağrısı R'a yüklendi. Tepe çağrıları peaks adlı bir GenomicRanges nesnesinde tutuluyor. GenomicRanges nesnelerinin içeriğine erişmek için kullanılan standart işlevlere ek olarak, tepe çağrıları için iki pratik işlev daha mevcut. Bir tepenin bulunduğu kromozomu almak için chrom işlevini, puanını almak içinse score işlevini kullanabilirsin.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
Egzersiz talimatları
peaksiçin bir özet yazdır.- En yüksek puanlı tepenin indeksini bulmak için
score()işlevini kullan. - En yüksek puanlı tepenin genomik koordinatlarını
chrom()veranges()işlevlerini kullanarak çıkar.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___