ChIP-seq deneylerine giriş. Neden ilgi çekiciler? ChIP-seq ile hangi olgular incelenebilir ve bu deneylerden neler öğrenebiliriz.

ChIP-seq nedir?

ChIP-seq özet

Sekanslama verisi

Tepe çağrıları

ChIP-seq İş Akışı

Isı haritası

Fark yaratan genler

ChIP-seq sonuç özeti

ChIP-seq verisini anlama

ChIP-seq’e Giriş

Artık ChIP-seq analizi gerçekten başlıyor. Bu bölüm, veriyi içe aktarmak ve temizlemek için Bioconductor araçlarını tanıtıyor.

Veri içe aktarma

BAM dosyalarını okuma

BED dosyalarını okuma

Zirvelere daha yakından bakmak

Bir bölgeyi ayrıntılı olarak çizmek

Açıklama (Annotation) Ekleme

ChIP-seq verilerini temizleme

Kara listeye alınmış bölgeleri kaldırma

Okumaları filtreleme

Süzülmüş veriyi ham okumalarla karşılaştır

Zenginleşmeyi değerlendirme

Kapsam (coverage) hesaplama

Pikler ve arka plan

Temellere Dönüş - ChIP-seq verisini hazırlama

Bu bölüm, ChIP-seq örnekleri arasındaki farkları belirleme ve görselleştirme tekniklerini tanıtıyor.

Farklı bağlanmaya giriş

Sence bu örnekler aynı mı görünüyor?

Örnekleri kümeleme

Protein bağlanmasındaki farklılıkları görselleştirme

Farklı bağlanmayı test etme

Okuma (Read) Sayılarını Yükleme

Modeli kurma

Modeli uydurma

PCA ve Isı Haritasına Yeniden Bakış

Farklı bağlanmaya daha yakından bak

MA grafiği

Volkan grafiği

Protein bağlanmasındaki farkları özetleme

ChIP-seq örneklerini karşılaştırma

Örnek grupları arasında farklı bağlanmayı belirleyebilmek harika, peki bu ne anlama geliyor? Bu bölüm, tepe çağrılarından biyolojik açıdan anlamlı içgörülere ulaşmak için farklı bağlanma sonuçlarını yorumlama stratejilerini tartışıyor.

ChIP-seq tepe noktalarını yorumlama

Tepe noktalarını birleştirme

Açıklamaları (Annotasyonları) Kullanma

Piklerin ek açıklanması

Hangi pikler farklı?

Gen listelerini yorumlama

Piklerin genlerle ilişkilendirilmesi

Ortak temaları bulma

Yolaklar üzerindeki etkiyi anlama

Yollaklara daha yakından bak

İleri düzey ChIP-seq analizleri

Tepe Noktalarından Genlere ve İşleve

Androgen Receptor ChIP-seq Peaks dataset

Chromosome 20 dataset

ChIP-seq analizi, biyoinformatiğin önemli bir dalıdır. Vücudumuzdaki hücreleri çalıştıran düzeneklere bir pencere açar. İster bu web sayfasını okumana yardım eden bir beyin hücresi olsun, ister seni hasta edebilecek mikroorganizmalar için devriye gezen bir bağışıklık hücresi, hepsi aynı genomu taşır. Onları birbirinden ayıran, herhangi bir anda aktif olan genlerdir. Hangi genlerin aktif olacağı, genleri etkinleştirebilen ve devre dışı bırakabilen karmaşık bir protein sistemi tarafından belirlenir. Bu düzenleyici mekanizma kontrolden çıktığında, kansere ve diğer yıpratıcı hastalıklara yol açabilir. ChIP-seq analizi, düzenleyici proteinlerin işlevini, hastalığa nasıl katkıda bulunabileceklerini anlamamızı sağlar ve hücrelerin kontrolden çıkmasını önlemek için nasıl müdahale edebileceğimize dair içgörüler sunabilir. Bu kursta, R içinde ChIP-seq verilerini işlemeyi ve analiz etmeyi öğrenirken gerçek bir veri kümesini keşfedeceksin.

Intermediate R

Introduction to Bioconductor in R

Bioconductor ile insan kanseri verisi kullanarak ChIP-seq verilerini analiz etmeyi öğrenin.

R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq

İnsan kanseri veri setini kullanarak Bioconductor yardımıyla ChIP-seq verilerini analiz etme ve yorumlama yöntemlerini öğrenin.

Genomik Verilerin Analizi in R

ChIP-seq özet

R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq

Uygulamalı etkileşimli egzersiz