Tepe noktalarını birleştirme
Tepe çağrılarını nasıl açıklamalayacağını keşfetmeden önce, tüm örneklerden gelen çağrıları içeren birleştirilmiş bir tepe kümesini nasıl elde edebileceğine bakmak faydalı olabilir. ChIPpeakAnno paketi bu amaçla findOverlapsOfPeaks() işlevini sağlar. Bu işlev, beş örneğe kadar olan, GenomicRanges olarak temsil edilen tepe kümelerinin birleştirilmesine olanak tanır.
Bu işlevi kullanmadan önce, daha önce oluşturduğun ChIPQCexperiment nesnesinden tepe çağrılarına ilişkin bilgileri çıkarman gerekir. Tepe konumlarını peaks() işleviyle alabilirsin. Bunun, QC’yi geçmeyenler de dahil olmak üzere, tüm örnekler için tepe çağrılarını döndüreceğini unutma. QC adımında ileri analiz için seçtiğimiz örneklerin dizinlerini içeren bir vektör qc_pass olarak mevcuttur.
Bu egzersiz
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
kursunun bir parçasıdırEgzersiz talimatları
- ChIPQCexperiment nesnesinden tepeleri çıkar.
- QC’de başarısız olan tüm örnekleri çıkar.
findOverlapsOfPeaks()işlevini kullanarak tepe kümeleri arasındaki örtüşmeleri bul.mergedPeaksgirdisi olarak sunulan birleştirilmiş tepe kümesini incele.
Uygulamalı interaktif egzersiz
Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)