Protein bağlanmasındaki farklılıkları görselleştirme
Hem PCA grafiği hem de dendrogram, birincil tümörlerden ve tedaviye dirençli tümörlerden alınan örneklerin her birinin kendi içinde kümelendiğini gösteriyor. Bu umut verici, ancak bu farklılıkların nasıl göründüğüne dair pek bir şey söylemiyor. Bu egzersizde, örnekler arasında pik yoğunluğunu karşılaştıran bir ısı haritası oluşturacaksın. Bu, örnek gruplarını birbirinden ayıran protein bağlanma örüntülerini vurgulamaya yardımcı olabilir.
Örnekler arasında birleştirilmiş pik kümesi peaks olarak mevcut. Buradan bir ısı haritası oluşturmak için, veri kümesinde kaç pik olduğunu bilmen gerekiyor. Birleştirilmiş pik kümesinin ayrıntıları peaks içindeki merged girdisinde yer alıyor.
Bu egzersiz
R ile Bioconductor kullanarak ChIP-seq
kursunun bir parçasıdırEgzersiz talimatları
peaksnesnesini yazdır.- Birleştirilmiş piklerin koordinatlarını elde et.
- Veride bulunan pik sayısını çıkar.
dba.plotHeatmapfonksiyonunu kullanarak bir ısı haritası oluştur.
Uygulamalı interaktif egzersiz
Bu örnek kodu tamamlayarak bu egzersizi bitirin.
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)