Gen yang membuat perbedaan
Mengidentifikasi puncak ChIP-seq memang bermanfaat, tetapi itu belum banyak menjelaskan apa yang terjadi di dalam sel.
Dalam latihan ini, Anda akan mendapatkan gambaran awal tentang bagaimana anotasi genom dapat digunakan untuk menafsirkan hasil ChIP-seq. Dua
himpunan gen telah dimuat ke sesi R untuk Anda. Yang pertama, ar_sets, berisi daftar semua gen yang terkait
dengan puncak pada tumor primer dan tumor resisten terhadap terapi. Yang kedua, db_sets, adalah subset dari yang pertama yang
hanya berisi gen yang terkait dengan puncak yang menunjukkan bukti pengikatan diferensial antara dua kondisi tersebut.
Anda akan menggunakan fungsi upset() dari paket UpSetR untuk memvisualisasikan tumpang tindih antara himpunan gen untuk
sampel tumor primer dan resisten terhadap terapi.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Tinjau himpunan gen lengkap yang disimpan dalam objek
ar_sets. - Visualisasikan tumpang tindih antara kedua kelompok menggunakan fungsi
upset(). - Tinjau gen dengan pengikatan diferensial.
- Visualisasikan tumpang tindih puncak yang terikat secara diferensial antara kedua kelompok menggunakan fungsi
upset().
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Take a look at the full gene sets
print(___)
# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))
# Print the genes with differential binding
___(db_sets)
# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))