Memvisualisasikan perbedaan pengikatan protein
Baik plot PCA maupun dendrogram menunjukkan bahwa sampel dari tumor primer dan tumor resisten terhadap pengobatan masing-masing membentuk satu klaster. Ini menggembirakan, tetapi belum banyak memberi tahu Anda tentang seperti apa perbedaannya. Pada latihan ini, Anda akan membuat heatmap yang membandingkan intensitas puncak di seluruh sampel. Ini dapat membantu menyoroti pola pengikatan protein yang membedakan antara gelombok sampel.
Kumpulan puncak yang dikonsolidasikan di seluruh sampel tersedia sebagai peaks. Untuk membuat heatmap puncak dari sini, Anda perlu mengetahui
berapa banyak puncak yang ada dalam himpunan data. Rincian kumpulan puncak gabungan tersedia pada entri merged dari peaks.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Cetak objek
peaks. - Dapatkan koordinat puncak gabungan.
- Ekstrak jumlah puncak yang ada dalam data.
- Buat heatmap menggunakan fungsi
dba.plotHeatmap.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)