Plot volcano
Plot volcano memvisualisasikan hubungan antara perbedaan antar kelompok (dinyatakan sebagai log fold change) dan nilai p dari uji yang membandingkan intensitas puncak. Ini memberikan ikhtisar visual tentang hasil yang signifikan secara statistik beserta ukuran efeknya. DiffBind menyediakan fungsi dba.plotVolcano() untuk membuat plot ini.
Objek ar_diff memuat hasil analisis pengikatan diferensial.
Latihan ini merupakan bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Instruksi latihan
- Buat plot volcano.
- Periksa plotnya. Di mana hasil yang signifikan berada?
Latihan interaktif langsung praktik
Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.
# Create a volcano plot
___(ar_diff)