Puncak vs latar belakang
Sekarang saatnya membandingkan sebaran cakupan antara puncak (peaks), wilayah daftar hitam (blacklisted regions), dan latar belakang. Pada latihan ini, Anda akan menelaah data dari kromosom 5.
Jumlah pembacaan yang dibagi per bin untuk puncak, wilayah daftar hitam, dan latar belakang pada kromosom ini tersedia sebagai peak_bins, bl_bins, dan
bkg_bins. Kolom score berisi jumlah pembacaannya.
Memuat semua data dan paket R yang diperlukan untuk latihan ini mungkin memerlukan waktu sejenak. Mohon bersabar.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Siapkan jumlah pembacaan untuk dipetakan dengan mengorganisasikannya dalam data frame.
- Gabungkan ketiga data frame menggunakan
rbind(). - Buat boxplot jumlah pembacaan menurut jenis bin.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()