Menganotasi puncak
Pada latihan sebelumnya, Anda membuat tabel gabungan panggilan puncak dari semua sampel (tersedia sebagai peaks_merged) dan tabel dengan anotasi gen (tersedia sebagai human_genes). Sekarang saatnya menggabungkan informasi dari kedua tabel menggunakan fungsi annoPeaks() yang disediakan oleh paket ChIPpeakAnno. Untuk setiap puncak yang cukup dekat dengan situs awal suatu gen (sebagaimana ditentukan oleh argumen bindingRegion), fungsi ini akan mengembalikan informasi terperinci tentang gen tersebut dalam sebuah data frame. Ini mencakup sebuah kolom, insideFeature, yang menunjukkan lokasi puncak relatif terhadap gen.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Anotasi puncak dengan gen terdekat.
- Tentukan jumlah puncak yang berhasil dianotasi dengan gen.
- Buat tabel ringkasan yang menunjukkan lokasi puncak relatif terhadap gen.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)