Memplot suatu region secara mendetail
Sekarang giliran Anda memplot suatu region genomik dengan Gviz. Semua data pada latihan ini berasal dari kromosom 20 dari satu sampel. Sebuah ideogram kromosom 20 telah dibuat untuk Anda dan tersedia sebagai ideogram. Pembacaan yang dipetakan telah dikonversi menjadi data cakupan. Informasi ini tersedia sebagai objek GRanges bernama cover_ranges. Panggilan puncak pada region yang akan Anda plot tersimpan dalam objek peak_calls.
Memuat semua data dan paket R yang diperlukan untuk latihan ini mungkin memerlukan waktu sejenak. Mohon bersabar.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Buat track anotasi untuk panggilan puncak.
- Buat data track untuk cakupan pembacaan.
- Tampilkan plot dengan urutan dari atas ke bawah: ideogram, track cakupan, track panggilan puncak, dan sumbu yang menampilkan posisi genomik.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)