Menelusuri jalur secara lebih mendalam
Dalam latihan ini, Anda akan menyusun sebuah URL yang menaut ke jalur (pathway) yang diidentifikasi oleh analisis pengayaan dan menyoroti gen dengan puncak ChIP-seq. Ini memungkinkan Anda mendapatkan gambaran tentang bagaimana gen—atau lebih tepatnya, protein yang dikodekannya—berinteraksi satu sama lain dan dengan protein lainnya. Dengan sedikit pengalaman, ini dapat dengan cepat menyarankan mekanisme potensial yang mungkin menjelaskan perbedaan antara kelompok dalam studi.
Format umum URL ini adalah: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Anda akan menyusun URL yang diperlukan untuk menampilkan jalur teratas dari analisis pengayaan, dengan menyoroti gen yang terkait dengan puncak. Objek top_path dan genes yang Anda buat sebelumnya tersedia untuk Anda di ruang kerja.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Tambahkan ID jalur ke URL.
- Gabungkan ID untuk gen dalam jalur yang terkait dengan puncak menjadi satu string, dipisahkan oleh
'+'. - Tambahkan string seleksi gen ke URL.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")