Mengonsolidasikan puncak
Sebelum Anda mengeksplorasi cara memberi anotasi pada pemanggilan puncak, ada baiknya meninjau cara memperoleh himpunan puncak gabungan yang mengintegrasikan pemanggilan dari semua sampel. Paket ChIPpeakAnno menyediakan fungsi findOverlapsOfPeaks() untuk tujuan ini. Fungsi ini memungkinkan penggabungan himpunan puncak, yang direpresentasikan sebagai GenomicRanges, dari hingga lima sampel.
Sebelum Anda dapat menggunakan fungsi ini, Anda harus mengekstrak informasi tentang pemanggilan puncak dari objek ChIPQCexperiment yang Anda buat sebelumnya. Anda dapat mengambil lokasi puncak melalui fungsi peaks(). Perlu dicatat bahwa ini akan mengembalikan pemanggilan puncak untuk semua sampel, termasuk yang tidak lulus QC. Vektor yang berisi indeks sampel yang kita pilih untuk analisis lanjutan selama tahap QC tersedia sebagai qc_pass.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Ekstrak puncak dari objek ChIPQCexperiment.
- Singkirkan semua sampel yang gagal QC.
- Temukan tumpang tindih antara himpunan puncak menggunakan fungsi
findOverlapsOfPeaks(). - Periksa himpunan puncak gabungan yang tersedia sebagai entri
mergedPeaks.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)