Mengelompokkan sampel
Cara lain untuk melihat kesamaan antar sampel adalah melalui pengelompokan hierarkis. Proses ini melibatkan dua tahap. Pertama, Anda harus menghitung jarak antar sampel berdasarkan (cakupan ternormalisasi) dari puncak menggunakan fungsi dist(). Lalu Anda dapat menggunakan jarak berpasangan ini untuk mengelompokkan sampel yang serupa dengan hclust(). Ini akan menghasilkan dendrogram yang menangkap hubungan hierarkis antar sampel.
Sebuah matriks dengan data cakupan yang telah dinormalisasi tersedia sebagai objek R cover.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Hitung jarak berpasangan antar sampel menggunakan
dist(). - Gunakan
hclust()untuk membuat dendrogram dari matriks jarak. - Plot dendrogram.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Compute the pairwise distances between samples using `dist`
cover_dist <- ___(t(cover))
# Use `hclust()` to create a dendrogram from the distance matrix
cover_dendro <- ___(cover_dist)
# Plot the dendrogram
plot(___)