Pengantar eksperimen ChIP-seq. Mengapa eksperimen ini menarik? Fenomena apa saja yang dapat dipelajari dengan ChIP-seq dan apa yang dapat kita pelajari dari eksperimen ini.

Apa itu ChIP-seq?

Ulasan singkat ChIP-seq

Data pengurutan

Panggilan puncak

Alur Kerja ChIP-seq

Peta panas

Gen yang membuat perbedaan

Ringkasan hasil ChIP-seq

Memahami data ChIP-seq

Pengantar ChIP-seq

Kini analisis ChIP-seq benar-benar dimulai. Bab ini memperkenalkan alat Bioconductor untuk mengimpor dan membersihkan data.

Mengimpor data

Membaca file BAM

Membaca berkas BED

Melihat puncak lebih dekat

Memplot suatu region secara mendetail

Menambahkan Anotasi

Membersihkan data ChIP-seq

Menghapus wilayah daftar hitam

Menyaring read

Bandingkan data yang telah difilter dengan pembacaan mentah

Menilai pengayaan

Menghitung coverage

Puncak vs latar belakang

Kembali ke Dasar - Menyiapkan data ChIP-seq

Bab ini memperkenalkan teknik untuk mengidentifikasi dan memvisualisasikan perbedaan antar sampel ChIP-seq.

Pengantar pengikatan diferensial

Apakah sampel-sampel ini terlihat sama bagi Anda?

Mengelompokkan sampel

Memvisualisasikan perbedaan pengikatan protein

Pengujian pengikatan diferensial

Memuat Jumlah Pembacaan

Menyiapkan model

Menerapkan model

Meninjau kembali PCA dan Heatmap

Menelusuri lebih dalam pengikatan diferensial

Plot MA

Plot volcano

Merangkum perbedaan pengikatan protein

Membandingkan sampel ChIP-seq

Mampu mengidentifikasi pengikatan diferensial antar kelompok sampel itu bagus, tetapi apa artinya? Bab ini membahas strategi untuk menafsirkan hasil pengikatan diferensial, dari pemanggilan puncak hingga wawasan biologis yang bermakna.

Menafsirkan puncak ChIP-seq

Mengonsolidasikan puncak

Menggunakan Anotasi

Menganotasi puncak

Puncak mana yang berbeda?

Menafsirkan daftar gen

Mengaitkan puncak dengan gen

Menemukan tema umum

Memahami dampaknya pada jalur (pathway)

Menelusuri jalur secara lebih mendalam

Analisis ChIP-seq lanjutan

Dari Puncak ke Gen hingga Fungsi

Androgen Receptor ChIP-seq Peaks dataset

Chromosome 20 dataset

Analisis ChIP-seq merupakan cabang penting bioinformatika. Analisis ini memberikan jendela untuk memahami mesin biologis yang membuat sel-sel dalam tubuh kita berfungsi. Baik itu sel otak yang membantu Anda membaca halaman web ini maupun sel imun yang berpatroli mencari mikroorganisme penyebab penyakit, semuanya membawa genom yang sama. Yang membedakan adalah gen mana yang aktif pada waktu tertentu. Gen-gen ini ditentukan oleh sistem kompleks protein yang dapat mengaktifkan dan menonaktifkan gen. Ketika mesin regulasi ini lepas kendali, hal itu dapat memicu kanker dan penyakit melemahkan lainnya. Analisis ChIP-seq memungkinkan kita memahami fungsi protein pengatur, bagaimana kontribusinya terhadap penyakit, serta memberi wawasan tentang cara kita dapat melakukan intervensi untuk mencegah sel keluar dari kendali. Dalam kursus ini, Anda akan mengeksplorasi himpunan data nyata sambil mempelajari cara memproses dan menganalisis data ChIP-seq di R.

Intermediate R

Introduction to Bioconductor in R

Pelajari analisis dan interpretasi data ChIP-seq dengan Bioconductor menggunakan dataset kanker manusia.

ChIP-seq dengan Bioconductor di R

Pelajari cara menganalisis dan menafsirkan data ChIP-seq dengan bantuan Bioconductor menggunakan dataset kanker manusia.

Analisis Data Genomik di R

Ulasan singkat ChIP-seq

ChIP-seq dengan Bioconductor di R

Latihan interaktif langsung