Mulai sekarangMulai gratis

Plot MA

Plot MA memvisualisasikan perbedaan antara dua grup relatif terhadap intensitas sinyal rata-rata. Ini berguna untuk menilai potensi bias dalam data. Umumnya, sebagian besar intensitas puncak tidak diharapkan berubah antar kondisi. Artinya, titik-titik pada plot seharusnya berkumpul di sekitar garis horizontal pada 0, yang menunjukkan tidak ada perubahan. Plot MA juga bermanfaat untuk memberikan gambaran visual cepat tentang seberapa besar perbedaan antar grup.

Seperti fungsi plotting yang Anda gunakan sebelumnya, DiffBind menyediakan fungsi dba.plotMA() untuk membuat plot MA yang dapat mengekstrak semua informasi yang diperlukan dari objek DBA.

Latihan ini merupakan bagian dari kursus

ChIP-seq dengan Bioconductor di R

Lihat Kursus

Instruksi latihan

  • Gunakan fungsi dba.plotMA() untuk membuat plot MA.
  • Perhatikan plotnya. Catat bagaimana perbedaan yang signifikan disorot.

Latihan interaktif langsung praktik

Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.

# Create an MA plot
___(ar_diff)
Edit dan Jalankan Kode