Menyiapkan model

Sebelum Anda dapat menjalankan perbandingan sebenarnya antar kelompok, Anda harus memberi tahu DiffBind bagaimana sampel dibagi di antara keduanya. Cara termudah adalah menggunakan salah satu kategori bawaan yang DiffBind lampirkan ke sampel. Ini mencakup pengelompokan umum yang sering digunakan seperti kondisi atau jaringan yang terkait dengan setiap sampel. Anda dapat menunjukkan mana yang ingin digunakan melalui argumen categories menggunakan konstanta seperti DBA_CONDITION dan DBA_TISSUE. Halaman bantuan untuk dba.contrast() memiliki daftar lengkap konstanta yang tersedia.

Latihan ini adalah bagian dari kursus

ChIP-seq dengan Bioconductor di R

Lihat Kursus

Petunjuk latihan

Periksa objek ar_binding.
Identifikasi kategori yang sesuai dengan kondisi Primary Tumor (primary) dan Treatment Resistant (TURP).
Tetapkan kontras untuk membandingkan dua jenis tumor tersebut.
Periksa objek dba_peaks untuk memastikan bahwa kontras telah ditambahkan.

Latihan interaktif praktis

Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.

# Examine the ar_binding object
print(___)

# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____

# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)

# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)

Edit dan Jalankan Kode