Panggilan puncak
Pembacaan tersebar di seluruh genom, tetapi lokasi yang diikat oleh protein yang diminati akan menarik banyak pembacaan yang saling tumpang tindih, sehingga membentuk puncak pada cakupan. Puncak-puncak ini biasanya dicatat beserta koordinat genomiknya serta skor yang menunjukkan kekuatan sinyal yang diamati untuk puncak tersebut.
Sekumpulan panggilan puncak telah dimuat ke dalam R untuk Anda. Panggilan puncak disimpan dalam objek GenomicRanges bernama peaks. Selain fungsi umum untuk mengakses konten objek GenomicRanges, tersedia dua fungsi praktis untuk panggilan puncak. Anda dapat menggunakan fungsi chrom untuk mendapatkan kromosom tempat suatu puncak berada dan fungsi score untuk memperoleh skornya.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Cetak ringkasan
peaks. - Gunakan fungsi
score()untuk mencari indeks puncak dengan skor tertinggi. - Ekstrak koordinat genomik dari puncak dengan skor tertinggi menggunakan fungsi
chrom()danranges().
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___