Merangkum perbedaan pengikatan protein
Plot terakhir dari puncak yang terikat secara diferensial yang akan Anda lihat dalam pelajaran ini adalah box plot. Jenis plot ini berguna untuk merangkum sebaran intensitas puncak pada setiap sampel. DiffBind menyediakan fungsi dba.plotBox() untuk tujuan ini. Box plot menyoroti letak median pada berbagai kelompok serta sebaran data di sekitarnya. Plot yang dihasilkan oleh DiffBind membandingkan dua kelompok (tumor primer dan resisten terapi) serta subkelompok yang terdiri atas puncak yang terikat secara diferensial. Selain plot itu sendiri, dba.plotBox() juga mengembalikan p-value untuk perbandingan berpasangan antar kelompok tersebut.
Seperti sebelumnya, hasil analisis pengikatan diferensial tersedia sebagai ar_diff.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Buat box plot untuk intensitas puncak.
- Periksa p-value yang dikembalikan. Himpunan puncak mana yang berbeda signifikan satu sama lain?
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)