Menerapkan model
Sekarang Anda siap melakukan analisis pengikatan diferensial. Ini akan memberi tahu puncak mana yang berbeda secara signifikan dalam intensitas antara dua tipe tumor. Mengetahui puncak mana yang berbeda antar kelompok akan menjadi dasar analisis lanjutan yang bertujuan menentukan mekanisme dasar yang mendorong perbedaan tersebut. Untuk saat ini, mari kita cari puncak yang terikat secara diferensial. Fungsi dba.analyze() dari DiffBind memungkinkan Anda melakukan hal ini. Pada latihan sebelumnya, Anda telah menetapkan kontras untuk perbandingan antar tipe tumor. Dengan menggunakan objek yang memiliki kontras tersebut, Anda cukup memanggil dba.analyze() untuk menyelesaikan pekerjaan sisanya.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Periksa objek
ar_bindinguntuk memastikan bahwa objek tersebut memuat kontras yang diperlukan. - Jalankan analisis pengikatan diferensial.
- Periksa hasilnya.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)