Menemukan tema umum
Paket chipenrich menyediakan fungsi chipenrich() untuk mengidentifikasi kelompok gen yang lebih sering terkait dengan puncak ChIP-seq daripada yang diharapkan secara kebetulan. Untuk itu, penting untuk menentukan bagaimana gen harus dikelompokkan. Pada latihan ini, Anda akan meninjau Hallmark genesets yang telah ditetapkan di Broad Institute.
Biasanya, Anda ingin membatasi analisis pada puncak yang terikat secara diferensial agar dapat menonjolkan proses molekuler yang membedakan dua kelompok sampel. Karena ukuran sampel pada data yang Anda gunakan kecil, Anda akan cukup meninjau puncak yang memiliki sinyal lebih kuat pada sampel tumor yang resistan terhadap pengobatan.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Pilih semua puncak yang memiliki intensitas lebih tinggi pada sampel resistan pengobatan dibandingkan sampel tumor primer.
- Jalankan analisis pengayaan.
- Cetak hasil analisis.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Select all peaks with higher intensity in treatment resistant samples
turp_peaks <- peaks_binding[, "GSM1598218"] + peaks_binding[, "GSM1598219"] < ___[, "GSM1598223"] + ___[, "GSM1598225"]
# Run enrichment analysis
enrich_turp <- ___(peaks_comb[turp_peaks, ], genome="hg19",
genesets = "hallmark", out_name = NULL,
locusdef = "nearest_tss", qc_plots=FALSE)
# Print the results of the analysis
___(enrich_turp$results)