Memahami dampaknya pada jalur (pathway)
Jalur (pathway) adalah cara lain yang bermanfaat untuk mengelompokkan gen. Dalam latihan ini, Anda akan menelaah hasil analisis pengayaan jalur yang melihat puncak (peaks) yang lebih menonjol pada sampel tumor primer. Objek enrich_primary memuat hasilnya. Ini adalah sebuah list dengan empat entri. Fokus utama Anda saat ini adalah pada results, sebuah data frame berisi hasil pengayaan yang diurutkan berdasarkan signifikansi. Data tersebut mencakup ID dan nama himpunan gen serta gen yang terkait dengan puncak yang menjadi bagian dari himpunan gen. Di sini, gen dilaporkan sebagai ID Entrez. Anda dapat menggunakan basis data yang disediakan oleh paket org.Hs.eg.db untuk melakukan konversi antara ID Entrez dan simbol gen. Fungsi select() menyediakan antarmuka yang mudah untuk memilih entri dari kolom SYMBOL menggunakan jenis kunci ENTREZID.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
ChIP-seq dengan Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Telaah himpunan gen teratas.
- Ekstrak ID gen untuk himpunan dengan peringkat teratas.
- Pisahkan ID gen menjadi sebuah vektor.
- Konversikan ID gen menjadi simbol gen.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Examine the top gene sets
head(___$results)
# Extract the gene IDs for the top ranking set
genes <- ___$___$Geneset.Peak.Genes[1]
# Split gene IDs into a vector
gene_ids <- strsplit(___, ', ')[[1]]
# Convert gene IDs to gene symbols
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db, keys=___, columns="___", keytype="___")
# Print the result
___(gene_symbol)