Membaca file BAM

Untuk memulai, Anda akan membaca read yang telah dipetakan dari sebuah file BAM ke dalam R. File ini menyimpan informasi tentang penjajaran antara urutan read dan genom referensi dalam format biner terkompresi. Memuat data dari file BAM adalah tugas yang umum saat menganalisis data genomik.

Pada latihan ini, Anda terlebih dahulu akan memuat semua read dari sebuah file BAM. Ini sederhana tetapi dapat memerlukan banyak memori, sehingga pada bagian kedua, Anda akan mempelajari cara memuat hanya read dari suatu wilayah yang diminati.

Latihan ini adalah bagian dari kursus

ChIP-seq dengan Bioconductor di R

Lihat Kursus

Petunjuk latihan

Muat read dari file chr20_bam menggunakan fungsi readGAlignments().
Buat objek BamViews untuk chr20_bam yang mencakup wilayah 29805000 - 29820000 pada kromosom 20.
Gunakan readGAlignments() lagi untuk memuat hanya read dalam view tersebut.
Periksa objek reads_sub menggunakan str().

Latihan interaktif praktis

Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.

# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)

# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))

# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)

# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)

Edit dan Jalankan Kode