Chromosome X du génome humain
À vous de jouer avec le package TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene pour en extraire des informations. Comme dans la vidéo, vous allez créer un sous-ensemble contenant tous les gènes du chromosome X en utilisant la fonction genes() avec l’argument filter défini pour sélectionner les instances où tx_chrom = "chrX". Vous examinerez ensuite ce sous-ensemble de gènes.
Rappelez-vous que filter reçoit une list() de conditions de filtrage pour sélectionner des intervalles spécifiques du génome.
Si vous souhaitez tester d’autres filtres, les noms valides pour cette liste sont : "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" et "exon_rank".
Cet exercice fait partie du cours
Introduction à Bioconductor avec R
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Load human reference genome hg38
library(___)
# Assign hg38 to hg, then print it
___
hg