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Recherche d’un motif

Cherchons des occurrences d’un motif dans l’ensemble zikaVirus avec vmatchPattern(). Ensuite, effectuons la même recherche de motif avec matchPattern() sur une seule séquence, zikv.

# Pour les ensembles
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)

# Pour une seule séquence
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikv, max.mismatch = 1)

Les deux fonctions doivent trouver le même nombre d’occurrences, mais vous remarquerez une sortie différente. Combien d’appariements obtenons-nous en lançant chaque recherche de motif séparément ?

Cet exercice fait partie du cours

Introduction à Bioconductor avec R

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