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Combien de transcrits ?

Souvenez-vous de la vidéo où nous avons calculé la longueur des exons dans l’un des transcrits de notre gène d’intérêt. À vous maintenant de déterminer combien de transcrits possède le gène ABCD1. Pour cela, utilisez :

transcriptsBy(x, by = "gene")

Une fois tous les transcrits obtenus par gène, vous pouvez sélectionner n’importe quel gène par son identifiant. L’identifiant du gène ABCD1 est 215. Une petite astuce pour sélectionner les informations d’un gène précis consiste à mettre l’identifiant entre accents graves, par exemple transcripts$`215`.

Cet exercice fait partie du cours

Introduction à Bioconductor avec R

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Instructions

  • Chargez la base de transcrits humains dans hg.
  • Préfiltrez le chromosome X à l’aide de seqlevels().
  • Récupérez tous les transcrits dans hg par "gene", stockez le résultat dans hg_chrXt, puis affichez-le.
  • Sélectionnez le gène `215` depuis hg_chrXt en utilisant $.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
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