Explorer la qualité des séquences
À vous de réaliser un contrôle qualité sur fqsample. C’est une étape importante avant toute analyse pour repérer rapidement d’éventuels problèmes dans les données.
Pour vérifier les valeurs d’encodage de chaque lettre dans quality(), utilisez encoding() :
encoding(quality(fqsample))
Pour obtenir un résumé d’évaluation de la qualité (QA), utilisez qa() :
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
Cet objet qaSummary a déjà été créé pour vous. Vous pouvez accéder aux éléments de QA avec qaSummary[["nameElement"]], où nameElement est le nom de l’élément que vous souhaitez examiner.
Cet exercice fait partie du cours
Introduction à Bioconductor avec R
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)