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Construire des IRanges

Dans la vidéo, quelques exemples d’utilisation du constructeur IRanges ont été présentés. À vous de jouer : entraînez-vous à créer des intervalles de séquence avec différents arguments et observez comment ces arguments sont réutilisés ou complétés.

Avec la fonction IRanges(), vous pouvez spécifier des paramètres comme start, end ou width. Ces paramètres peuvent appartenir à l’une des deux catégories suivantes :

  • start, end et width sont des vecteurs numériques.
  • Le paramètre start est un vecteur logique.

Les arguments manquants seront déduits à l’aide de l’équation width = end - start + 1.

Le constructeur IRanges() indique que tous les paramètres sont optionnels et ont pour valeur par défaut NULL :

IRanges(start = NULL, end = NULL, width = NULL, names = NULL)

Cet exercice fait partie du cours

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Instructions

Construisez trois objets IRanges avec les arguments suivants :

  • IRnum1 : un start égal à un vecteur de valeurs de 1 à 5 et un end égal à 100.
  • IRnum2 : un end égal à 100 et un width égal à 89 puis 10.
  • IRlog1 : start égal à Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)).
  • Affichez les objets pour voir les résultats !

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Load IRanges package
library(___)

# IRnum1: start - vector 1 through 5, end - 100  
IRnum1 <- ___

# IRnum2: end - 100, width - 89 and 10
IRnum2 <- ___

# IRlog1: start = Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)))
IRlog1 <- IRanges(___ = Rle(___))

# Print objects in a list
print(list(IRnum1 = IRnum1, IRnum2 = IRnum2, IRlog1 = IRlog1))
Modifier et exécuter le code