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Des données tabulaires aux Genomic Ranges

Dans la vidéo, vous avez découvert différentes façons de créer des objets GRanges. Vous pouvez définir un GRanges avec le nom de la séquence, et les positions de début et de fin (seqnames, start et end). Si vous avez des données sous forme de table, vous pouvez aussi les transformer en objet GRanges. Utilisons un data frame, appelé seq_intervals, car c’est très probablement ainsi que vous avez stocké vos intervalles de séquence. Remarque : vous pouvez aussi utiliser un tibble si vous y êtes plus à l’aise.

Vous allez utiliser le data frame prédéfini seq_intervals pour le transformer en objet GRanges à l’aide de la fonction as(). La fonction as() a été présentée dans la dernière vidéo : elle prend en entrée un objet et le nom de la classe vers laquelle le convertir.

Cet exercice fait partie du cours

Introduction à Bioconductor avec R

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Instructions

  • Chargez GenomicRanges.
  • Affichez seq_intervals pour voir sa structure.
  • Transformez seq_intervals en objet GRanges, appelez le nouvel objet myGR.
  • Affichez myGR.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)

# Print seq_intervals
___

# Create myGR
___ <- ___(___, "___")

# Print myGR
___
Modifier et exécuter le code