Accesseurs GenomicRanges
Dans l’exercice précédent, vous avez créé un objet GRanges à partir d’un data frame contenant les informations de base. Vous allez voir qu’un objet GRanges peut stocker bien plus !
Utilisez les méthodes d’accès pour explorer l’objet GRanges, myGR. Vous pouvez extraire des caractéristiques d’un objet GRanges telles que les noms de chromosomes, le nombre de séquences, les noms de chaque séquence, des informations sur le brin, le score, la longueur, et plus encore.
Voici quelques accesseurs de base pour GRanges :
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Pour obtenir la liste complète des accesseurs, vous pouvez consulter methods(class = "GRanges").
Cet exercice fait partie du cours
Introduction à Bioconductor avec R
Instructions
- Récupérez les informations de séquence pour
myGR. - Consultez les métadonnées avec
mcols().
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___