Manipuler des Biostrings
À partir d’une courte séquence (dna_seq) issue de l’objet zikaVirus, c’est à vous d’expérimenter les deux processus biologiques : transcription et traduction.
Dans les deux premières parties de cet exercice, vous appliquerez ces processus séparément. Dans la dernière, vous les enchaînerez en une seule étape.
Vous utiliserez ici une très petite séquence, mais gardez en tête que la puissance de Biostrings se révèle vraiment avec des séquences bien plus longues.
Le package Biostrings a déjà été chargé pour vous. En utilisant zikaVirus, vous allez traduire les 21 premiers caractères en un AAString.
Cet exercice fait partie du cours
Introduction à Bioconductor avec R
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Unlist the set, select the first 21 letters, and assign to dna_seq
dna_seq <- subseq(___(___), end = 21)
dna_seq
# Transcribe dna_seq into an RNAString object and print it
___ <- ___(dna_seq)
rna_seq