Encore du filtrage !
Super ! Maintenant que vous avez un peu pratiqué le filtrage des reads, utilisons la fonction polynFilter(). Cette fonction sélectionne les reads qui contiennent moins qu’un certain nombre de nucléotides identiques consécutifs. Par exemple, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) sélectionnera tous les reads qui contiennent moins de 20 A. Le paramètre nuc est un vecteur de caractères contenant des symboles IUPAC pour les nucléotides, ou la valeur "other" pour tous les symboles non nucléotidiques.
L’objet fqsample est disponible dans votre espace de travail.
Cet exercice fait partie du cours
Introduction à Bioconductor avec R
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil