Fonctions courantes de manipulation de séquences
Jusqu’ici, vous avez découvert les fonctions de manipulation de séquences les plus courantes :
reverse()
complement()
reverseComplement()
translate()
En pratique, vous pouvez appliquer ces fonctions à des séquences très longues.
Cependant, pour visualiser clairement la valeur et les résultats de ces fonctions dans cet exercice, vous utiliserez un petit sous-ensemble. L’objet zikv, que vous avez déjà extrait du génome du Zika, ne comporte que 30 bases.
Cet exercice fait partie du cours
<cours>Introduction à Bioconductor avec R</cours>Instructions de l’exercice
Testez les fonctions avec zikv :
- Inversez la séquence.
- Calculez le complément de la séquence.
- Calculez le complément inversé de la séquence.
- Traduisez la séquence.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Reverse the zikv sequence
reverse(___)
# Complement the zikv sequence
___
# Reverse complement the zikv sequence
___
# Translate the zikv sequence
___