Trouver une région conservée dans six cadres de lecture
Félicitations pour votre progression jusqu’ici !
Vous allez maintenant rechercher la séquence protéique NS5 dans la séquence du virus Zika. La protéine NS5 est très conservée chez les virus. Elle a été téléchargée et chargée pour vous depuis Uniprot.
La séquence ADN du virus Zika a été transcrite en un RNAStringSet, nommé rnaframesZikaSet. Cet ensemble comprend six cadres de lecture (un par séquence) que vous allez traduire en acides aminés. Pour la recherche, vous réglerez l’argument max.mismatch dans votre appel à vcountPattern() pour rendre la recherche plus flexible.
Cet exercice fait partie du cours
Introduction à Bioconductor avec R
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Print rnaframesZikaSet
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# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F