Gráfico volcán
A continuación, crearás un gráfico volcán para visualizar el grado de expresión diferencial en el estudio de leucemia, que muestra en el eje y el logaritmo de las probabilidades (log odds) de expresión diferencial frente al cambio de pliegue en escala logarítmica (log fold change) en el eje x.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto de modelo ajustado del estudio de leucemia del Capítulo 2, fit2, ya se ha cargado en tu espacio de trabajo. El paquete limma ya está cargado.
Crea un gráfico volcán que resalte los 5 genes principales.
Etiqueta esos 5 genes con sus símbolos génicos pasando la columna
symboldel data framefit2$genesal argumentonames.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)