Prueba de expresión diferencial entre 2 grupos
Ahora que tienes un objeto ExpressionSet y una matriz de diseño, puedes ajustar y probar tu modelo con limma.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto ExpressionSet eset con los datos de leucemia y la matriz de diseño que acabas de crear (design) se han cargado en tu espacio de trabajo.
Ajusta los coeficientes del modelo con
lmFit.Calcula las estadísticas t con
eBayes.Resume los resultados con
decideTests.Como no tiene sentido probar el término de intercepción, especifica el coeficiente
"Diseasestable"al ejecutardecideTests.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)