Prueba de expresión diferencial para un factorial 2x2
Aunque ahora tienes más contrastes que en los ejemplos anteriores, probar la expresión diferencial con limma sigue el mismo flujo de trabajo.
Este ejercicio forma parte del curso
Análisis de expresión diferencial con limma en R
Instrucciones del ejercicio
El objeto ExpressionSet eset con los datos de Populus, la matriz de diseño (design) y la matriz de contrastes (cm) ya están cargados en tu espacio de trabajo.
Ajusta los coeficientes del modelo con
lmFit.Ajusta los contrastes con
contrasts.fit.Calcula las estadísticas t con
eBayes.Resume los resultados con
decideTests.
Ejercicio interactivo práctico
Prueba este ejercicio y completa el código de muestra.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)